НЕЙРОТОН, занимательные истории о нервном импульсе (А.Волошин)

НЕЙРОТОН,   ОГЛАВЛЕНИЕ       

Генное исследование мозга. Транскриптом

В начале XXI века Поль Аллен Пол Аллен, видный филантроп и один из основателей «Майкрософта» обратился к учёным Алленовского института мозга с вопросом, какую проблему в биологии они считают наиболее важной. Сошлись на том, что важнее всего было бы узнать, каким образом гены создают мозг. На решение этой проблемы Аллен выделил 100 миллионов долларов, и в 2001 основал в Сиэттле (США) Институт исследования мозга (Allen Brain Institute).

Поскольку начинать сразу с мозга человека было бы слишком самонадеянно, первым проектом Института стал Allen Mouse Brain Atlas — Атлас транскриптома головного мозга мыши. Проект был начат в 2004 году и завершён, в сентябре 2012 года [23].

Целью этого исследования было, во-первых, подробное гистологическое изучение морфологии мозга, а во-вторых, исследование транскриптома с помощью гибридизации in situ. Результат представляет собой полноценную базу данных, где собрана информация о том, в каком участке мозга какие гены работают. Данные представлены как в виде фотографий классических срезов мозга, так и в виде цифрового трёхмерного изображения.

Важной особенностью проекта Allen Mouse Brain Atlas было решение авторов выложить все результаты в открытый доступ по адресу www.brain-map.org, где любой желающий может найти информацию об экспрессии конкретного гена в конкретной зоне. Все данные доступны для скачивания, а для опытных пользователей был разработан ряд программ, например, NeiroBlast, который позволяет находить гены с одинаковым паттерном экспрессии.

Работа над генной картой мозга мыши позволила оптимизировать экспериментальные методы для автоматизированной потоковой работы, разработать необходимое программное обеспечение и способы обработки больших массивов данных. Благодаря приобретённому опыту Институт Аллена смог приступить к построению транскриптомной карты головного мозга человека.

54tcm.php

ОГЛАВЛЕНИЕ